Die Kirche zu Königs Wusterhausen erhielt im Jahre 1706 ihre erste Orgel und wurde zur damaligen Zeit als Schlosskirche genutzt. Es ist anzunehmen, dass Kronprinz Friedrich Wilhelm einer der Stifter dieser Orgel war. Der noch heute erhaltene im norddeutschen barocken Stil erbaute Orgelprospekt hat eine auffällige Ähnlichkeit mit den Instrumenten des berühmten Norddeutschen Orgelbaumeisters Arp Schnitger. Da Schnitger als königlich preußischer Hoforgelbauer im Auftrag von Friedrich I. u.a. die Orgeln in den Schlosskapellen Charlottenburg und Oranienburg sowie in der Berliner Nikolaikirche fertigte, liegt es nahe, ihn als Erbauer der Orgel in der Kirche Königs Wusterhausen zu vermuten.

1821 wurden in der Kirche große Umbauten vorgenommen und der Kirchenraum erweitert.

Dabei erhielt das Gebäude einen Grundriss in der Form eines lateinischen Kreuzes. Bald darauf bürgerte sich der Name Kreuzkirche für das Gotteshaus ein. 

In den Jahren 1912/13 kam es in der evangelischen Kirche Königs Wusterhausen zu einem Orgelneubau durch die Gebrüder Oswald Dinse (1845-1918) und Paul Dinse (1849-1916) aus Berlin. Im alten historischen Orgelgehäuse fand ein Werk mit pneumatischer Traktur und 20 neuen Registern Aufstellung; der Spieltisch wurde seitlich angelegt. Das romantische Klangbild wurde 1931 durch die Berliner Firma Wendt & Heise einem barocken angenähert und mit einem freien Spieltisch versehen. Doch konnte wegen der Beibehaltung der Pneumatik kein befriedigendes Klangergebnis erreicht werden. 1956 führte Ludwig Glöckner (1909-1997) aus Berlin nochmals Klangveränderungen durch, ohne dass es zu wesentlichen Verbesserungen kam. 

Den Beschluss zum Neubau einer Orgel in einer Klanggestalt, die dem historischen Orgelprospekt entspricht, fasste der Gemeindekirchenrat im Jahr 2003.

Die neue Orgel der Kreuzkirche Königs Wusterhausen wurde dann am 17. Januar 2010 mit einem Festgottesdienst eingeweiht. Erbaut wurde das Instrument von der Orgelbaufirma Hendrik Ahrend aus Leer/Loga. Hinter dem aus dem Jahre 1706 erhaltenen Orgelprospekt wurde eine Orgel im norddeutschen barocken Stil nach einer Disposition des berühmten Orgelbaumeisters Arp Schnitger errichtet. Die Firma Ahrend hat sich seit vielen Jahrzehnten der Orgelbautradition Arp Schnitgers verschrieben und viele seiner erhaltenen Orgeln restauriert. 

Dieses Instrument bereichert die Orgellandschaft in der Region um ein Vielfaches, denn in der gesamten Umgebung ist diese Orgel im norddeutschen barocken Stil das einzige Instrument dieser Bauart. Jeden vierten Freitag in den Monaten Mai bis September findet alljährlich die Konzertreihe „Orgelsommer“ in der Kreuzkirche statt. Kindern wird  das Instrument des Jahres 2021 mit „Orgelmusiken für Kinder“ nahegebracht. Die wunderbaren Klänge der „Königin der Instrumente“ faszinieren Konzertbesucher und Organisten aus ganz Europa, die mit großer Spielfreude auf der Ahrend-Orgel musizieren.